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基本操作
移动
左摇杆控制人物进行移动
交谈
靠近人物或者宝可梦时头上会有感叹号标记，按A进行对话
即时动作
不同的场景有不同的作用，但是操作方式一样。光圈处于有颜色区域的时候按A，就算成功。
有些剧情必须操作成功才可推进剧情，有些即使失败也不妨碍剧情推进。
持续动作
不同的场景有不同的作用，但是操作方式一样。连续按A键直到累计一个圆圈，就算成功。
皮卡丘的暗语
剧情推进到一定程度，皮卡丘会给予各种提示，也会有各种皮卡丘的俏皮小故事。提示的时候下屏皮卡丘会闪烁，伴随着画面叫男主角名字的声音。
推理
通过搜集证据来推理案件的各种因素，用触控笔移动证据或者证词到相应位置。如果证据搜集不够完整，会导致推理失败。
只要收集到重要的几个证据就可以推理了，无需全部线索都找到。
调查列表
证据
通过调查得到证据之后，人物和宝可梦可以询问的证词也会追加。因此得到新的证据之后，多去打听一下就能得到新的情报。例如：
空罐子
红色树果
项链
证词
跟各种NPC或者宝可梦对话，得到可以推理案件的重要线索例如：
公园里的鸟宝可梦
如何让豆豆鸽聚集起来
黑暗鸦的癖好
人物
提供各种线索的NPC可以在这里看到基本信息例如：
阿曼达
露易丝
妮娜
宝可梦
提供各种线索的宝可梦可以在这里看到基本信息例如：
长尾怪手
傲骨燕
冰鬼护
推理笔记
推理笔记一览
剧情有时候会自动打开推理笔记，有时候需要手动点击。已经推理出的案件右侧会盖上印章，左边还是问号的表示当前正在推理调查的案件。