TV动画『精灵宝可梦 超世代』

以神奇宝贝大师为目标，小智与皮卡丘来到未知的新天地--芳缘地方旅行。然而皮卡丘的状况却不大对劲。为了让发高烧呻吟不止的皮卡丘得到治疗，小智与芳缘地方出名的神奇宝贝博士，小田卷博士取得连络。原来皮卡丘是受到之前火箭队的攻击影响，体内累积大量的电气，再恶化下去搞不好会发生爆炸。于是吸取皮卡丘体内的电气治疗马上展开，但是皮卡丘太过庞大的电气能量却引发机械发生爆炸！意识不清的皮卡丘就这样逃到外面。小智与小田卷博士也马上紧追上去…。差不多这时候，住在芳缘地方的小遥正踩单车往小田卷博士的方向来，打算拿最初的神奇宝贝以踏上神奇宝贝训练家之旅。个性开朗、活蹦乱跳的小遥一知道博士不在研究所，也马上追了出去。到底逃出研究所的皮卡丘是否营安无事？！小智要怎样克服在新天地突然遭逢的危机呢？

小智与皮卡丘在芳缘地方展开新的冒险之旅。由于诸多原因，为了与新人神奇宝贝训练家小遥一起登录参加芳缘联盟，正往神奇宝贝中心所在的古辰镇前进。小遥对神奇宝贝的用法依然很生疏，一路上可用手忙脚乱来形容。最后勉强来到神奇宝贝中心的一行人，从在中心研究古辰遗迹的梅兹博士那里听到有关古代神奇宝贝之谜的故事。据说博士最近已解开该谜题。也就在这个夜里，数个男人突然出现把梅兹博士与小智等人掳走。这些神秘男子的目的到底是什么？古辰遗迹到底隐藏着什么秘密？

小智等人完成参加登录芳缘联盟的手续，为了挑战在芳缘地区的第一场道馆比赛，意气风发的向橙华市前进。可是小遥一到橙华市，就好像有意避开道馆似的，在街头跑得不见人影，留下小智一人敲橙华道馆的大门。应门的是一位向往神奇宝贝训练家的小男孩。一看到小智就提起小智在城都联盟中战斗上的错误。小智听得很不高兴，放话要对方找道馆训练家，男孩说自己就是道馆训练家…这下子小智在芳缘地方最初的道馆比赛到底会如何发展呢？

小遥的弟弟小胜也一起加入小智的旅行。不管怎样，一行人热热闹闹的向附近最近的神奇宝贝道馆所在地卡那兹市前进。森林中小智等人遇到燕子神奇宝贝的傲骨燕，受到争地盘的傲骨燕群袭击。不服输的傲骨燕受到皮卡丘的十万伏特电击，就是死也不肯服气。小智等人被傲骨燕军团包围，陷入大危机。此时跳出来搭救一行人的，竟是在常磐市告别的小刚！脱离危机后，小智等人都很高兴这次的再会，小遥与小胜也很快的与新同伴打成一片。但是那时候，看上傲骨燕的傲气的火箭队，又打算利用傲骨燕来捕捉皮卡丘的作战计划，到底小智他们有办法解决吗？

以卡那兹市为目的地而持续旅行的小智等人在森林遇到大得离谱的豆狸神奇宝贝蛇纹熊。其实那是穿着短裤、想接触大自然、套着神奇宝贝布偶想了解神奇宝贝的心情的古怪少年--阿奇变装的姿态。虽然阿奇由于小智等人的关系没有抓到蛇纹熊，不过正打算到橙华道馆挑战的他，得知小遥是道馆训练家的女儿，便趁此机会向小遥提出对战的要求。小遥接受挑战，然而还是初学者的她，自然很快的输掉这场比赛。阿奇因此而说橙华道馆太容易打赢了，而后得意洋洋的跑去抓蛇纹熊。小遥心不甘愿，但也只能在心里抱怨。但是弟弟小胜却吞不下这口气。认为对方可以轻视小遥，就是不可以轻视道馆训练家的父亲。于是独自一个人采取个别行动，到底事情会怎么收场呢？

前往卡那兹市的小智等人来到一座森林。听说最近这一带目无法纪的神奇宝贝盗猎者很猖狂。由于发现了盗猎者使用的捕获网的一部份，小智等人遂加入帮忙逮捕犯人。这时火箭队照惯例的挖掘捕捉皮卡丘的地洞，偶然发现盗猎者抓到的大量有毒神奇宝贝阿柏蛇与瓦斯弹。由于长期以来的好搭挡阿柏怪与双弹瓦斯都是由阿柏蛇与瓦斯弹进化而来，对这两种神奇宝贝有深切感情的火箭队，决定将这群神奇宝贝放出来，自己收下。但是这个行动被盗猎者阿隆发现，火箭队的阿柏怪与双弹瓦斯也成了被狙击的目标！面对使用实力强大的神奇宝贝的阿隆，火箭队完全无反抗能力！他们是否有办法保住长期合作的伙伴阿柏怪与双弹瓦斯呢？火箭队还会有白色的未来吗？

旅行途中，小智在森林遇到以前就很在意的森林蜥蜴神奇宝贝木守宫，马上兴奋的想加以收服，但是却不小心从山坡上滚下去。与小遥等人走失的小智，滚到了枯萎而神秘的巨树附近。受其存在感而靠近的小智遇到一只木守宫攻击。虽然有皮卡丘可以应战，但还是被木守宫敏捷的身手给压制住。幸好在几只木守宫的介入下，才结束了这场莫名奇妙的战斗。那些木守宫是来带走这只不肯离去独居的木守宫的。木守宫们被这只顽固不肯离去的木守宫而深感头痛。唯有小智支持一心一意要照顾巨大树的木守宫。这时候，火箭队企图大量补捉木守宫，想连森林的树木也一起夺走！到底小智与木守宫是不是能守住巨大树呢？

小智一行人在森林公园用餐。这是旅行中最快乐的时间之一。但是有个黑影躲在草丛中专门瞄准这快乐的时刻。原来是毒蛇神奇宝贝饭匙蛇想要偷走食物。小遥的神奇宝贝火稚鸡被耍了一招，食物还被抢了。不过小智的木守宫很快的以漂亮的身手又将食物抢了回来！可是，愤怒的饭匙蛇的反击也让木守宫的右手受了重伤。紧急送去神奇宝贝中心治疗后虽然没什么大碍，但是木守宫无法接受自己被饭匙蛇打败，而一个人悄悄离开神奇宝贝中心。他想一个人找饭匙蛇做个了结。在火箭队费尽心机想收服饭匙蛇的情况下，木守宫赌上尊严的第二回合比赛即将开始！

前往卡那兹市的旅途，小智等人穿越广大的森林，终于来到睽违已久的城镇。一伙人分成二组行动，享受都市生活的乐趣。小智带着小胜想先去吃饭，在街头发现因害怕躲在巷中发抖的蘑菇神奇宝贝－蘑蘑菇。蘑蘑菇最初对小智等人深怀戒心，不过很快的就对温柔呵护自己的两人打开心扉。小智对本来应该住在森林的野生蘑蘑菇为何会在城市出现，感到很不可思议，想将蘑蘑菇带往神奇宝贝中心。途中经过一栋老旧的房子前面时，蘑蘑菇突然跑进大宅子里面！于是小智等人慌张的追了上去。同时，在街上购物的小遥与小刚听到了镇上被诅咒的大宅院的谣言…到底蘑蘑菇是发生什么事了呢？那个大宅子里面到底有什么东西在呢？

旅行途中，小智等人发现一所号称拥有“世界最强的神奇宝贝”的民间道馆。虽然“世界最强”一词令人怀疑，但一行人仍兴致勃勃的敲起道馆大门。里面走出来的是少年安东尼与水鸟神奇宝贝大嘴鸥。小智马上与这个人展开对战，可是水系神奇宝贝的大嘴鸥口中，竟然使出草系的绝招，连火焰系的绝技也跑出来！这些不合常理的绝招变化，把木守宫、傲骨燕纷纷打倒。皮卡丘是勉强打成平手，可是也是两败具伤的局面。小智带三只神奇宝贝到神奇宝贝中心治疗时，火箭队在想弄到大嘴鸥的过程中，偶然发现最强的神奇宝贝大嘴鸥那千变万化的绝招秘密，进而立了阴谋想大赚一笔。到底，世界最强的神奇宝贝的秘密是什么呢？

旅行途中、小智等人误入神奇宝贝保护区、在那里遇到一位叫做可莉的女人与“紧咬神奇宝贝”大狼犬。他们是守护这个保护区不被盗猎者侵害的神奇宝贝保护官。一行人都以钦佩的眼光注视拥有厉害的大狼犬与保护官、医生资格的可莉。但是在大狼犬之中，有一只是没有进化的土狼犬。听说牠是与其它大狼犬同时期出生的，可是恢罏槭颤N，只有这只土狼犬的进化很迟缓。从没目睹神奇宝贝进化的小胜，闹着要看土狼犬的进化，坚持要留下来。不得已，一行人只好在这里停留一阵子…。就这样，小胜鲁莽的土狼犬进化大作战开始了！

旅行的途中，小智等人在歇息的湖边结识了“浮萍神奇宝贝”莲叶童子与花店三姐妹典子、玲子、奈绪子。一行人拜访他们的店铺﹑享用好吃的果子料理、热烈谈论起对神奇宝贝有各种效果的果实。三姐妹中最年幼的奈绪子似乎喜欢上了小刚。由于小刚一句想看看果实中少见的香柚之果，奈绪子竟然独自到森林里去寻找！森林天黑后容易迷路。小智等人急忙出发去寻找奈绪子，但是偏偏这个时候火箭队想要捕抓这些莲叶童子，小智他们能保护湖泊的和平吗？

小智等人为了挑战在芳缘地方的第一场道馆比赛，以卡那兹市为目标前进。在卡那兹市附近还有一个特殊场所，卡那兹中心，那里正在举办神奇宝贝华丽大赛。这与依靠实力来决胜负的一般对战不同，比的是绝招的华丽度与神奇宝贝本身的成长情况。一行人很感兴趣的想要参加，可惜大会已经报名截止。但是，在刚认识的参赛者惠美与英二的好意邀请下，一行人得以助手身份出场。不止如此，以前曾参加这个比赛的火箭队的武藏，也会出场?!对这项比赛抱有浓厚兴趣的小遥兴奋不已，别开生面、精采的神奇宝贝大赛现在即将开始!

小智等人在森林深处轻快的前进。越过这座森林，就是第一个目的地卡那兹市了。此时忽然出现一只竽虫神奇宝贝，刺尾虫。小遥在先前的华丽大赛中迷上了狩猎凤蝶的美丽，所以就兴致勃勃的想捕捉可以进化成凤蝶的刺尾虫，然后细心培育，使其进化。由于太专注于追逐，不知不觉留下了小智等人，走入了森林的深处。另一方面，在大会上得到惨痛经验的火箭队，也想捕抓可以进化成凤蝶的刺尾虫。这两组都想得到刺尾虫的人马，在森林中不期而遇。想得到华丽的狩猎凤蝶的小遥，与火箭队展开争夺刺尾虫之战。到底，小遥能不能打赢这场比赛？刺尾虫到底会落入谁手呢？

以卡那兹市为目标的小智一行人，终于来到卡那兹市。立刻与道馆训练家兼神奇宝贝训练家学校老师的杜鹃认识，不过，与训练家战斗前，必须学习关于神奇宝贝各种各样的事。从入门班、竞赛班、博士班，对学校的教育内容制定，都是学生高兴决定的。尤其是小胜，由于校长的好意，将用一天的时间体验这个入门班所有的事。与神奇宝贝无法接触的孩子，和小胜激起竞争，小胜的神奇宝贝训练家学校一曰体验开始了!

小智等人到达卡那兹市。向芳缘地方第一场道馆挑战赛的曰子终于到了。从以前就对比赛绝招华丽度的神奇宝贝华丽大赛有兴趣的小遥，下定决心参加华丽大赛，放弃到道馆挑战比赛。这次成了小智一个人的挑战。为了对抗擅长使用高防御力的岩石系神奇宝贝的道馆训练家杜娟，小智与皮卡丘苦练对岩石系效果优越的绝招“钢铁尾巴”。然而，无法随心所欲使出该绝招的皮卡丘还是陷入了苦战。在杜娟的岩石神奇宝贝朝北鼻的强烈攻击下，皮卡丘到底能不能及时使出新绝招“钢铁尾巴”呢?!,

打赢了卡那兹道馆的比赛，小智一行人的心早就飞向下一个目的地武斗道馆。等待搭船到武斗岛的期间，一行人决定在卡那兹市分开来自由行动一阵子。小胜在街上认识了从衣服到食品、什么都生产的梦幻公司，得文制造股份有限公司的社长，兹伏奇。喜欢小孩的兹伏奇很欣赏小胜，带小胜到总公司参观，让小胜对一个又一个的新发明大开眼界。这时候，两人发现伪装成社员的可疑男子，展开了跟踪。同一时间，研究所内因为遭窃而一阵骚动。东西是这个男人偷走的吗？他的真实身份究竟是什么？

小智一行人想搭上每个月只有几班船的联络船到武斗岛。但是由于小遥的疏失，赶不上最近的班船。小遥为了负起责任，到处寻找开往武斗岛的船只，认识了退休的老船员哈奇。哈奇老人自愿送一行人到武斗岛。但是，等小遥带大家过来时，哈奇老人的态度却是180度大转变，冷淡的赶走一行人。百思不解的一行人，从君莎小姐那里听来令人担忧的消息。上次躲在得文公司的水舰队的人，听说就躲在这附近，打算与同伴会合。企图在海上与同伴会合的水舰队的男子，与拥有私人船只的哈奇老人的变化，二者似乎有某种关联。一行人抱着这样的想法，赶紧回到哈奇老人的地方。到底，哈奇老人与水舰队之间有什么样的关系？小智等人是否能够抓住水舰队呢？

为了出席下一场道馆的战斗，小智一行人乘着哈奇老人的小船朝着武斗岛移动。可是一行人却来到了无人岛，小遥和小胜跑到了海中玩水，却突然遭到一大群“凶暴神奇宝贝”巨牙鲨的包围，但幸好被皮卡丘救回了性命。夜晚，一行人在海边用餐，发现了几只巨牙鲨徘徊在岸边，一行人不以为然。隔早，莲叶童子被巨牙鲨咬了去，才发现巨牙鲨已经受了伤，小刚彻夜照顾牠。突然!!火箭队又出现了，将皮卡丘抓了去!!小智能将皮卡丘救出吗??他们能逃离这座岛吗?

为了尽快得到芳缘地方的第二个道馆徽章，小智等人来到道馆门口。然而，道馆训练家藤树却拒绝小智的挑战，跑出去冲浪。斗志高昂的小智气不过去，一直纠缠着藤树，最后终于如愿以偿。小智认定藤树是只晓得玩冲浪的吊儿啷当的人物，所以对这场比赛充满了自信。可是面对小智来势汹汹的攻击，藤树的神奇宝贝却运用冲浪中练出来的身手，很轻松的就化解小智的攻击。小智急得失去判断情况的能力，依然采用硬攻的方式，结果…:

在武斗道馆之战里面，小智被道馆训练家藤树打倒，感受到自己实力的不足，决定在武斗岛暂时修行一段时间。然而在那个时候，出现了企图夺走小智等人的神奇宝贝的火箭队！小智等人好不容易将火箭队赶跑，但是回过神来却注意到，小遥的刺尾虫跟火箭队的刺尾虫在混战中弄混了！刺尾虫是小遥第一次收服，细心照料的神奇宝贝，想到自己的刺尾虫被迫与卑鄙的火箭队待在一块儿，小遥就非常的不安。忍住盈眶的泪水，小遥拼命奔走寻找火箭队…。

为了武斗道馆而继续旅行了小智一行人，正在商讨着大吾的事情而来到了“岩石洞窟”，却意外掉入了火箭队所设下的陷阱。但是那个时候，周围的地面却陷了下去。一行人和火箭队一起掉进的洞穴的最深处。而在小胜的周围,皮卡丘和喵喵聚在一起。好像所有人都分散了。小智、小刚、小次郎在一起，而小遥和武藏在一起，寻找出口的活动开始了.“铁铠神奇宝贝”可可多拉就居住在这危险的洞穴里，争吵不停的３组联合起来，能逃出洞窟吗！？小智能和大吾相遇吗！？

小智一行人，在武斗岛边架设帐篷，继续着神奇宝贝的修行。那个时候，沙中突然出现的未知生物，袭击了小智一行人。打算捕获牠的小智，却因为牠的强大力量，而失败了。而且那个生物，还把帐篷给弄倒了。被吓到的小智，燃起的捕获谜的生物的欲望，决定揭发未知生物的原形。静静等待的夜晚的到来。于是当天晚上，未知生物还是出现了！！小智能顺利捕获未知生物吗！？

加入了新伙伴“无赖神奇宝贝”龙虾小兵，小智一行人持续着在武斗岛的旅行和学习。在与火箭队的战斗中，龙虾小兵却发烧了。龙虾小兵得回到神奇宝贝球里，但是，神奇宝贝球放在露营的帐篷内。小智打算到神奇宝贝中心请求支援，于是背起龙虾小兵开始跑！但是，到神奇宝贝中心得经过的河却没有桥。而且，这河里还居住了很多“野蛮神奇宝贝”利牙鱼．．．小智能够打败这些利牙鱼吗！？

为了打败武斗道馆的道馆训练家藤树，持续旅行的小智一行人，把锻炼自己和寻找珍奇的神奇宝贝当为目标，而来到了一座沼泽。一行人和“沼鱼神奇宝贝”水跃鱼以及沼泽的主人认识。不管什么，来到这里的都得将初学者用的蛋送回培育的地方？向来以打工谋生的小刚倍感兴趣，这时打算夺走水跃鱼的火箭队出现了！然后管理水量的控制器却出了问题，水跃鱼群们被大量的水冲走了！！到底小智一行人得怎样面对这个危机！？并且保护水跃鱼群们呢！？

在某个洞窟做修行的小智等人，不小心激怒了在洞窟睡觉的大声神奇宝贝吼爆弹。在急于逃离吼爆弹追打的情况下，小智等人居然与皮卡丘他们走失了。而此时，勉强逃到外面的皮卡丘等神奇宝贝也拼命的想寻找小智。神奇宝贝们虽然受伤了，还是以出去远足的心情往森林前进。但是，突然的，四周响起奇特的草笛声。皮卡丘他们像中了催眠术一样，开始在同样的地方打转起来。神奇宝贝们的身上是出什么事了?!还有，这个吹草笛的，到底是谁?

以突破武斗道馆为目标，而持续修行的小智等人，在某个洞窟里面发现了少年和辉的秘密基地。和辉生气想赶跑小智等人。在旁偷窥的火箭队想篡夺和辉的秘密基地，却突然出现神秘的一队人马，火岩队，占据了这个基地。火岩队在秘密基地内开始挖洞，挖到很深的地方时，火箭队看火岩队的情况，认定此地必有宝物，遂在后头紧跟上来。而从和辉口中得知详情的小智等人，为了抢回洞窟，又折返回来…

小智等人今天依然在武斗岛努力修行。企图抢走一伙人的神奇宝贝的火箭队，又跑来闹事。在格斗中，小遥的“蛹神奇宝贝”甲壳蛹进化成“蝴蝶神奇宝贝”狩猎凤蝶了!!其进化令小遥高兴极了。然而，火箭队的武藏却不高兴极了。因为她所疼爱的蛹神奇宝贝盾甲茧一点要进化的迹象也没有。败给小智等人之后，武藏也燃起了竞争意识，对盾甲茧展开特训，偏偏盾甲茧实力太强，火箭队的人所拥有的神奇宝贝根本不是它的对手。为了让重要的盾甲茧进化，武藏只好寻找厉害的神奇宝贝来磨练，以再度向小智等人挑战。

今天小智等人依然在武斗岛继续修行。个性火爆的问题专家，龙虾小兵的行为使大家有点头痛。小智想训练龙虾小兵的合作精神，决定到废弃的金矿里去玩试胆游戏。他想吓吓龙虾小兵，使它乖一点。扮演鬼怪的小遥与小胜埋伏在金矿中，龙虾小兵不知情的进去了…。另一方面，火箭队为了寻宝来到金矿里面，受到眼光发亮的某个东西的攻击!!那是真正的妖怪吗?小遥与龙虾小兵的命运将会如何呢?

为了再次挑战武斗道馆的道馆训练家藤树而持续修行的小智等人，遇到自称藤树头号弟子的格斗少女小忍的挑战!!虽然她自称是头号大弟子，但是如同过去的小智，小忍只是一昧的使出力量来猛攻。相较于小忍，经过修行的小智在化解攻势时就显得很稳重。但是，藤树却突然插进来为决斗喊停。原来他是来提醒一行人，台风已经来到附近了。在天气越来越恶劣的情况下，大伙儿勉强逃避到附近的洞窟。在这时候，藤树的一番告白，“面对强大的力量，不要勉强出头，想法子渡过去也是很重要的”听到藤树这番话，小忍回顾自己的战斗方式，似乎有所领会的样子…

为了再度挑战武斗道馆，而不断修行的小智，终于要向道馆训练家藤树做复仇战了。可是在藤树的秘密练习场的战斗，攻守状况却和上次的对战颠倒过来…。面对藤树猛发攻势的神奇宝贝，小智发挥了修行的成果，在轻松闪躲中慎重地寻找机会。藤树的神奇宝贝果然因为不断发出攻击，很快就喘不过气来了。任谁来看都会觉得小智占了上风，但是，小刚却有不同的看法。小刚在藤树这宛如故意制造机会给小智的战斗中，感到隐隐约约的不安…。

小智一行人结束武斗道馆的复仇战，为了小遥即将参加的神奇宝贝华丽大赛，而搭船前往大会场地的凯那市。由于火箭队设下的圈套，船遇难了。小智等人顺水飘流，最后遇上了气氛阴森的触礁的弃船。在那里，一行人结识了来调查弃船的广海，一同休息了一段时间。这期间，火雉鸡突然不见了?!一行人不加思索，到处搜索，没多久，小胜与小遥也不见了。小智等人感受到危机，提高了警觉，可是…

小遥来到凯那市，马上就以神奇宝贝华丽大赛的优胜为目标，和蝴蝶神奇宝贝的狩猎凤蝶展开了特训。特训中，小遥遇到了也想拿到大赛优胜的少年，神奇宝贝协调家，小瞬。小遥与小瞬之间燃起了激烈的竞争意识，又跟小智等人展开更激烈的特训。烟火工匠毕希见到这个情况，告诉小遥，有个果实吃了可以让参赛的神奇宝贝拥有更有利的条件。为了分得一些果实，小遥等人来到毕希的仓库，可是在那里只见到将果实完全吃光的火稚鸡。小遥等人得知这个果实是毕希今夜放神奇宝贝烟火的制作材料，深感自责，于是决定到森林去寻找果实来还给毕希先生。

为了得到神奇宝贝华丽大赛的优胜，小遥将火稚鸡交给小智等人保管，自己与狩猎凤蝶离开去练习。此时小智等人又受乔伊小姐所托，帮忙照顾三只神奇宝贝做健康检查，因为不久之后，即将成为神奇宝贝训练的小孩会过来领取。做完健康检查后，乔伊小姐又托小智等人保管这些神奇宝贝。可是，其中有只活泼不听话的火稚鸡一直想逃跑。为了抓这只火稚鸡，小智拿出龙虾小兵战斗。没想到战斗中，火稚鸡意外进化成力壮鸡了。

神奇宝贝华丽大赛举办的曰子，会场人潮汹涌，热闹极了。身处其中的小遥，在休息室内一直紧张得无法冷静。第一次审查的主题是魅力演技。在神奇宝贝展现的多彩多姿的绝招中，劲敌小瞬的“荆棘”毒蔷薇得到了高分。然后终于轮到小遥跟狩猎凤蝶上场了。狩猎凤蝶拿出为了这一天努力练习已久的绝招，银色之风，成功进入了第二次审查。接下来的审查是只靠美丽还不够，必须以实力获胜的华丽战斗。小遥的对战对手是小瞬。这场战斗到底会谁胜谁负呢?

神奇宝贝华丽大赛告一段落，小智等人在凯那市停留了最后一天。小遥与小刚到市区买东西，小智与小胜和皮卡丘决定到海之博物馆参观。很不凑巧，博物馆刚好休馆。小智等人遇到了库斯诺吉馆长，并被带入馆内参观。在那里，小智等人看到了罕见的烧焦的神秘岩石。此时出现了企图夺走博物馆展示品的火箭队，将小智等人关进牢笼内。然而比他们更早一步潜入馆内的火岩队又跟火箭队发生冲突。两派人马为了宝物，突然展开了战斗…

小智等人向着紫菫市一路旅行，来到山路旁的神奇宝贝中心。但是里面却一个人也没有。最后面的房间一片凌乱，地板上还有残余的睡眠粉。小智等人觉得出事了，赶快查看监视器的录影带。出乎意料的看到邪恶神奇宝贝，狡滑天狗将乔伊小姐掳走的画面。一行人为了救出乔伊小姐，赶往狡滑天狗居住的大树。可是一路上却遇到草系神奇宝贝们的阻挠。这时候，乔伊小姐在大树中醒来，注意到旁边有一只睡着的长鼻叶…

以紫堇市为目的地而前进的小智等人，在浓雾的山路中行走着。听说山中有个村子，在那里，有着被当成路标的灯塔。小智等人遇到了守护灯塔的“光之石”的正电拍拍与负电拍拍，其主人和智见到小智的打扮，认定他就是村子传说中的勇者。和智完全没有战斗经验，他带着加油神奇宝贝跟随自己崇拜的小智一起练习。谁知火箭队却跑来捣蛋，抢走了光之石与皮卡丘…。

前往紫菫市的途中，小智等人来到了某个城镇。一行人在那里认识了带着“呢喃神奇宝贝”咕妞妞的明菜，决定一起参加即将举办的“戏法屋大赛”。克服戏法大王设下的机关，获得优胜的人将可以得到一年份的能量方块！一行人以优胜为目标，努力向终点前进，先是迷宫，后是过独木桥、地洞陷阱等等，后来连拿着麦克风的胖丁也来捣乱。大赛的优胜者到底会是谁呢？

抵达紫菫市的小智等人，为了得到第三个徽章来到紫菫道馆。一入道馆，突然冒出雷公机器人，与皮卡丘发生了战斗。后来，小智与现身的道馆训练家，铁旋做道馆挑战赛。竟然一下子就打赢了。然而过了不久，皮卡丘的情况马上变不对劲。带去神奇宝贝中心疹疗后，才知道皮卡丘在与雷公战斗的过程中，吸收了过多的电力，所以挑战时出招的威力才会那么大….

小智等人结束了在紫菫市的道馆赛，为了让小遥参加神奇宝贝华丽大赛，而决定前往秋叶镇。一行人途中发现河面有西瓜漂过来，于是把西瓜捞过来吃了。这时少女纳奇出现了。她误以为小智等人是偷西瓜的小偷，命令熔岩虫与森林蜥蜴攻击小智。后来一行人解开了误会，被邀请到纳奇的西瓜田去。在那里，小智与纳奇以西瓜田旁边的战斗场地，展开了一场双打比赛。比赛进行中，想偷走西瓜的火箭队出现了…

小智等人来到了远遥湖畔的一个城镇。由于那里即将举办庆典，罗密欧带着电萤虫，茱丽叶带着甜甜萤，努力的做舞蹈练习。可是罗密欧对电萤虫下错指示，在小智等人面前出了洋相……细问之下，才知道罗密欧与电萤虫都喜欢上了茱丽叶与甜甜萤，因为太在意舞蹈的对方，而拿不出平常的实力。于是小智等人决定帮助罗密欧与电萤虫…

小智等人向着秋叶镇的方向前进，在悬崖斜面上的山路行走。在那里，一行人遇到了崖上跳下来的石头神奇宝贝，宝贝龙。小智认识了宝贝龙的主人米雪儿，得知宝贝龙想要飞翔的心愿…。由于宝贝龙进化成暴蝾螈之后就可以飞行，于是小智等人为了让宝贝龙早曰进化，决定与其对战。可是比赛中，火箭队又跑出来，把宝贝龙带走了。宝贝龙命运将会如何?它能够不经由进化而飞行吗?

小智等人向着秋叶镇前进，与睽违已久的小霞跟波克比，约定在途中的沙漠绿洲碰面。小霞接受绿洲的饭店邀请，要去参加那里举办的波克比庆典。但是去被伪装成执行委员的火箭队所骗，使得波克比被绑架到叫做米拉祖的国度去。波克比似乎是米拉祖王国决定王位时必需用到的神奇宝贝。小智等人随后追上，遇到想利用波克比来登上王位的摄政韩佐，而发生一场战斗…

韩佐企图成为米拉祖王国下任国王，设下陷阱，引来了小霞与小智到宫殿。幸好被偶然认识的莎拉公主所救，正要与波克比一起逃脱到国外。但是韩佐的铁面忍者与脱壳忍者却突然来袭，将波克比强行夺走。韩佐奸计得逞成为国王后，还想利用波克比，到海市蜃楼另一头的波克比乐园，企图释放出被封印起来的危险力量。

小智等人向着秋叶镇的方向旅行，途中存粮用尽，饿着肚子在荒野中流浪。此时搭救他们的，是在荒野中开垦的连胜家族。听说这个家的长子良平，也是为了成为神奇宝贝联盟的冠军而在外面旅行。一家人突然对小智等人提出四比四的挑战。与这个好战家族的比赛，结果将是如何呢？

小智一行人向着秋叶镇的方向继续旅行，途中在草丛发现一只精力旺盛的向尾喵。小智等人虽然不知道向尾喵虚弱的原因，但还是在看过芳香疗法书籍的小刚建议下，带着向尾喵前往研究神奇宝贝芳香疗法的“绿色之馆”。向尾喵经过馆内工作人员亚里莎的芳香治疗，果然恢复了元气。接着，小遥为了收服向尾喵正打算打一场的时候，火箭队的人又跑出来，把馆内的香水抢走了。

小智等人向着秋叶镇的方向旅行，与曾经在某个森林认识的短裤少年阿奇重逢。阿奇自从上次跟小智告别后，也到橙华道馆挑战过。因为挑战失败的关系，现在正在这个森林修行。小智等人决定陪阿奇修行一阵子，但是在战斗中，阿奇的猫鼬斩状况显得很不正常。原来牠是察觉到了藏在树丛中的宿敌，火箭队的饭匙蛇的气息。两只神奇宝贝立刻一场死斗。论实力，是饭匙蛇占上风。眼看猫鼬斩快被打败，小智派出龙虾小兵加入助阵，停止了一场恶斗。但是，猫鼬斩想一决胜负的斗志更加旺盛，于是第二场生死搏斗又开始了。到底胜负将会如何呢？

小智一行人向着秋叶镇的方向旅行，来到了位在美丽湖畔的某神奇宝贝中心。在那里，认识了跟小胜一样，名字中有个“胜”字，绰号叫小胜的少年，胜人。胜人不知为何，对小胜一副想找人打架的态度非常讨厌...。离开神奇宝贝中心后，小胜看见胜人在湖畔疼爱溜溜糖球的样子。接着，两人一见面又开始吵架了。此时，企图夺走溜溜糖球的火箭队出现了。为了寻找受惊吓而逃入森林的溜溜糖球，小胜与胜人的感情渐有改善，最后俩人决定一起合作保护溜溜糖球

小智等人终于抵达秋叶镇。小遥二度挑战的神奇宝贝华丽大赛即将开始。在神奇宝贝中心，小智等人认识带着恰雷姆的协调训练家葛蕾丝。葛蕾丝给了小遥许多善意的建议，然而，却反而成了小遥的压力。为了抗压，小遥一大早就带着狩猎凤蝶做练习。差不多在这时候，神奇宝贝中心里面，小智与小瞬也展开了战斗……。

小遥与狩猎凤蝶二度挑战的神奇宝贝华丽大赛，秋叶大会终于开始了。第一次审查时，竞敌小瞬跟葛蕾丝都以美丽的绝招得到高分。轮到小遥的狩猎凤蝶时，苦练的成果也让她得到高分，成功晋级第二次审查。第二次审查时，小遥的第一关的对手，是第一次审查时的最高分得主，武藏野。小遥是不是能够打赢武藏野呢？

神奇宝贝华丽大赛结束，为了小智的下一场道馆挑战赛，一行人向着釜炎镇的方向持续旅行。途中，与带着正电拍拍与负电拍拍的和智重逢。和智在修行的旅行中加入了当地的应援团。关户团长的应援理念乍听之下冠冕堂皇，但是小胜等人却觉得其中一定有问题。为了拆穿关户团长的谎言，小智等人与委托应援团加油的火箭队展开战斗…。

为了前往烟突山，小智一行人走在有“热焰小径”之称的洞窟里，遭受大群熔岩虫的追击，逃到一座山坡上的牧场。在那里，小智等人遇到饲育呆火驼的阳子，借宿一夜。小遥为了让向尾喵体验真正的战斗，和阳子展开比赛。小遥让向尾喵使出绝招“协助”，但还是被阳子善战的大尾立给逼进苦战。当天晚上，不明人士为了得到呆火驼，偷偷潜入牧场。

小智等人一路向下一个道馆所在地釜炎镇旅行，来到了烟突山的山麓。一行人向着山顶前进，途中缆车突然停了下来。用紧急电话求救，也迟迟没有响应。于是小智就一个人离开缆车，出去求救。此时，在火山口附近，为了得到学者索蓝斯博士发现的陨石，火岩队与水舰队展开了战斗。

小智等人来到釜炎镇后马上来到釜炎道馆。可是与道馆训练家亚莎到了战斗场地后，才发现不只战斗场地破烂不堪，而且连个裁判都没有。与亚莎聊天，得知道馆本来由她的祖父穆拉爷爷主持，但是就在三天前，穆拉爷爷已突然将道馆交给亚莎，外出旅行去了。被留下的亚莎，满脑子只想着怎么让自己的神奇宝贝变强。此时，外出旅行的穆拉爷爷又因为担心亚莎而折回釜炎道馆。出去短短几天就折回来，穆拉爷爷觉得无脸见众人，决定伪装身份，默默关心亚莎。但是...

小智等人终于迎接攸关丰缘地方第四个徽章的道馆挑战赛。对刚成为训练家的亚莎来说，这是她的第一场道馆比赛。相对的，小智已经有很多比赛经验，所以可以说是自信满满。比赛刚开始时，小智针对火系神奇宝贝使用战术获得了领先。但是得到前道馆训练家穆拉爷爷建议的亚莎，也渐渐的沉着下来，开始对大意轻敌的小智展开攻击

决定以橙华道馆为下一个目标后，小智等人从釜炎镇出发了。它们在山路上遇到许多只晃晃斑。其中有一只额头还长着罕见的心型斑点。此时一心想抓住有心型斑点的晃晃斑的女性，爱莉出现了。但心型斑点的晃晃斑又跑进树丛里面不见踪影。小智等人从大感困扰的爱莉口中了解原因，得知那只晃晃斑是某人托付给爱莉保管，今天必须要还给对方。于是小智等人就和爱莉一起开始寻找有心型斑点的晃晃斑。

小智等人以橙华道馆为目标旅行。虽然选择经往紫菫市的路径，但是途中还是迷路了。然后，撞见石炭神奇宝贝的煤炭龟遭到几只神奇宝贝的围攻。小智等人救了煤炭龟，注意到这地方是有强烈地盘意识的钢神奇宝贝居住的钢之谷。急着赶往紫菫市的小智等人，决定与救起的煤炭龟一起穿越山谷，但是…。

为了得到第五个徽章而向橙华市前进的小智等人，来到了路途中的紫菫市。久没有在大城市中逛逛，无意中发现有许多种类的游乐设施的游乐场。小智拿出神奇宝贝球叫自己的神奇宝贝出来，一起玩游戏。谁知，整个游乐场就是火箭队设下的陷阱。神奇宝贝们都被抓走了。救出这些神奇宝贝的，是以前在紫菫道馆交手过的道馆训练家铁旋。小智为了测试新同伴煤炭龟的能力，向铁旋提出挑战，做练习赛...。

小智等人向着即将举办神奇宝贝华丽大赛的绿荫镇前进。但是，与火箭队的战斗使得向尾喵嗓子出了问题，一行人遂决定到附近的神奇宝贝诊所看看。向尾喵在经过治疗后恢复了健康。小智等人得知这位负责治疗的女性，是有名的传说的协调训练家绫子时，跟她问了许多的问题。但是，可疑的阴影也正悄悄靠向他们...

小智等人终于抵达即将举办神奇宝贝华丽大赛的绿荫镇。来到神奇宝贝中心时，发现小遥的竞敌小瞬的毒蔷薇受伤了，在那里接受治疗。小瞬在跟戴假面具的训练家对战中落败，无法参加这次的华丽大赛。小智等人听到后，对这个打败强敌小瞬的戴面具的训练家，假面使者，感到很好奇。然后，假面使者也找上了小智一行人...。

小智等人来到即将举办神奇宝贝华丽大赛的绿荫镇。在那里认识了软弱的少年君麻吕。他的母亲很讨厌神奇宝贝，还对君麻吕下了禁令，不准接近神奇宝贝。小智等人知道君麻吕很喜欢神奇宝贝，遂与他的父亲田村麻吕合作，想让君麻吕参加神奇宝贝华丽大赛。另外，这次的绿荫大会里，对第一次与向尾喵搭档参赛，以缎带勋章为目标的小遥来说，也是很重要的一场比赛。小遥与君麻吕的竞赛的结果将是如何呢？

为了下一场道馆挑战赛，小智向着橙华市前进，途中路过森林深处的一个小村子。在那里，小刚的莲叶童子进化成莲帽小童。村民们看到莲帽小童，不知为什么，就开始拜了起来。好像是因为村子从两星期前就开始缺水，所以村民们才如此崇拜村子的水神莲帽小童。村民们认为缺水的原因是两周前出现在森林的太阳岩，因而想尽办法想将太阳岩赶出森林...。

以橙华市为目标前进的小智等人，途中在森林迷路，发现了一只受伤的青绵鸟。牠好像是因为前几天的暴风雨而受伤、离群的。于是小智等人决定照顾到青绵鸟身体康复为止。因为小智等人努力的照顾，青绵鸟的伤势好了，将要回到同伴的身边了。可是，不知为什么就是飞不上来，掉到地上。小智等人虽不晓得原因，但还是拟立了种种作战计划，想让青绵鸟可以再度飞翔。

前往下一个都市橙华市的途中，小智等人来到了某个城镇，突然听到神秘的警报声。据君莎小姐所说，这个城镇一到某个特定时期，就会有大批溶食兽来袭，抢夺镇上的粮食。由于迄今为止的受害太过严重，镇上已委托溶食兽研究家的释吉博士，决定这次一定要击退溶食兽。小智等人得知此事，想要助博士一臂之力，但是......。

以橙华市为目的地的小智等人，中途在某个森林用早餐。一行人都很快乐，唯独木守宫的情况怪异。牠对小智所说的话几乎完全没有反应。这时候，爆音怪大吼大叫的跑出来。听跟着跑过来的少年盖伊说，这个爆音怪最近都无视自己的训练家盖伊说的话，非常狂暴。盖伊搞不清楚原因，非常困扰。小智猜测原因应该是压力太大，想要化解其压力，而决定跟盖伊来一场比赛。结果直到刚才都还很安静的森林蜥蜴突然斗志高昂，要求小智派自己上场。于是小智就派森林蜥蜴上场了，可是......。

小智等人终于来到橙华市。在那里，小智对自己的神奇宝贝们，介绍由木守宫进化成功的森林蜥蜴。大家都露出欢迎的态度，不知为什么，唯独龙虾小兵除外。这时候，树林间出现带着乐天河童的蓄胡须的男子，潘裘。潘裘提出以午饭为赌注来比一场。小智认为这是道馆赛之前的练习好机会，答应比赛。小智本想派森林蜥蜴战斗。然而龙虾小兵突然抢在森林蜥蜴前头，要求让自己出赛...。

小智等人为了参加橙华市的道馆赛，来到了邻镇的北橙华市。一行人还没到神奇宝贝中心，市民见到小遥与小胜就一阵骚动。因为二人是该市市民崇拜的道馆训练家“千里”的子女，而大受欢迎。火箭队见状，想出了一个计划。情势促使下小遥在众人面前表演神奇宝贝的绝技。而小智，则受到某个训练家要求比赛...

为了向千里再度挑战道馆赛，以得到第五个徽章，小智来到了橙华市。这地方对小遥小胜来说，是令人怀念的故乡。小遥等人回到家里，期待着与父母的重逢，然而，家里却找不到父亲.千里的身影。小遥感觉到母亲美津子的神色不同往常。好像是因为千里与乔伊小姐有外遇的样子。看似亲密的二人之间到底发生了什么事呢?在同一时期，火箭队潜入了橙华道馆巨大的温室，想夺走懒人翁、过动猿、与请假王...

攸关第五个徽章的战斗终于在橙华市展开了。道馆训练家是小遥与小胜的父亲千里。小智斗志高昂站上战斗场地，誓言这次一定要打败千里。对于派皮卡丘打先锋的小智，千里派出了懒人翁。懒人翁懒洋洋地躺在战斗场地上，一副无心战斗的样子。然而，皮卡丘的攻击却都被一一的闪过。对于千里精于计算的战斗方式，小智等人完全束手无策...。

在橙华道馆得到第五个徽章的小智一行人，在前往茵郁市之前，决定先到小田卷研究所一趟。在那里遇到小田卷博士的小智等人，知道博士正要去迎接大木博士，于是就跟随着一起去了。然而，应该在研究所的小遥与小胜，却偶然先遇到大木博士。小遥等人想让大木博士看看地方上难得一见的训练家专用的神奇宝贝，可是正好被趁虚而入的火箭队给抢走…

前往下一个目的地，茵郁市的小智等人，途中小智怪罪小遥动作太慢，导致大伙迟迟无法出发。于是两人就引发口角。此时出现穿着华丽的两人组，奥斯卡与安东尼，向小智与小遥挑战拉锯赛。这种比赛需要合作无间的默契，可是小遥与小智却互扯对方后腿。这样下去俩人恐怕会打输比赛…。

以茵郁市为目标的小智等人，途中在森林里迷路，小遥被突然跳出来的盔甲鸟给带走。小智等人急忙追上去，却遭到厚重的木门与一群神秘男子的阻挡。这些人是住在森林的村民。对他们来说，门的另一边是禁地，自古以来就为人所畏惧，据说，进入里面的人会触怒草系神奇宝贝。一心想要赶快救出小遥的小智等人，趁村民不注意时偷偷爬过大门，可是…。另一方面，小遥被带进禁地之后，被妙蛙种子、臭臭花、口呆花等“草系神奇宝贝”所包围…

小智等人路过一个都市，使用神奇宝贝中心的电视电话与大木博士取得连络，让博士传送小智的妙蛙种子过来，与小遥的妙蛙种子一起玩耍。然后，传送开始了，可是什么东西也没有过来。原来是有人伪装成技师，假借修理故障的机会，改造传送机，将传送过来的神奇宝贝球夺走。为了拿回被偷走的神奇宝贝球，小智等人赶忙追上去，但是…

小智等人在湖畔休息。小智观赏着目前为止战胜得来的徽章太入神，一不小心让徽章与盒子一起掉进水中。此时巨大鲶鱼王突然出现，将盒子连徽章一口就咬走掉。为了追回盒子，小智情急之下跳湖，搞得自己也溺水。刚好在场的钓客出手将小智救起。这位钓客看起来与巨大鲶鱼王似乎有某种关连…

为了参加丰缘联盟的比赛而持续旅行的小智一行人，决定要爬上迷雾山。可是，在深雾笼罩的山中，小智和皮卡丘却跟大家走失了。迷路的小智突然遇到雾中出现的神秘婆婆。这个婆婆一边唱着奇怪的童谣，又消失在雾中。继续迷路的小智与皮卡丘因为救了差点跌落悬崖的天秤偶，又遇到了名叫神代的少女。调查梦幻般的古代遗迹的她，就是以先前小智听到的奇怪童谣当线索...

旅行途中小智来到了长寿镇。小遥得知镇上即将举办神奇宝贝华丽大赛，非常的高兴。遇到宿敌小瞬，两人果然又迸出火花，但是一群妇女们的热烈加油声，却让两人吓一大跳。而且，自称"pmdm"神奇宝贝爱好妈妈的成员之一人，月子也要参加比赛。小遥与月子成为好朋友，见月子紧张的样子，提出建议让自己成为练习的伙伴。另一方面，火箭队得知只有拥有缎带勋章的人可以参加比赛，而动起抢劫小遥的歪脑筋...

长寿镇的神奇宝贝华丽大赛终于开始了。狩猎凤蝶表现不错，令小遥显得很从容。一同练习的月子也恢复了比赛的直觉，表现得可圈可点。宿敌小瞬则是以毒蔷薇的花吹雪绝招让在场观众陶醉不已。虽然第一次审察大家都顺利通过，可是第二次审察时，小遥的对手居然是月子。小遥兴冲冲的想让妙蛙种子的出道比赛制造高潮，但是...

小智等人向着下一场道馆赛的所在地茵郁市前进。途中，遇到一只无精打采的跳跳猪。小智等人得知跳跳猪头上的真珠搞丢了，遂决定帮忙一起寻找。然而令人伤脑筋的是，这只跳跳猪一看到圆的东西就往自己头上戴。差点累死小智等人。后来，水跃鱼好不容易找到真珠，跳跳猪的头上顶着真珠，高兴极了。就在小智等人松一口气的时候，火箭队出现了...

以茵郁市为目的地的小智一行人，途中，在风的十字路口搭救了一只被强风吹跑的青绵鸟，结识了少年凯特。在风的十字路口这地方，有举办一种利用神奇圆环竞争训练家与神奇宝贝的合作默契的比赛─神奇圆环。小智与小遥自然是马上报名。可是在会场，也出现了曾过神奇圆环特训的小次郎的身影...。

旅行到茵郁市的途中，小智等人在路上迷路，为了躲雨，进入一间大洋房，结果被关了起来。小胜小遥因出不去而急得要命。最后俩人还吵起来，小胜气得跑离众人，遇到了以愤怒念头为食物的人偶神奇宝贝，怨偶娃娃。俩人成为好朋友。于是小胜想出办法，要求怨影娃娃帮忙，一起来吓吓小遥...

小智等人在广大森林中休息。皮卡丘也吃着神奇宝贝饲料杯，气氛十分悠闲。然而，龙虾小兵生气火稚鸡抢食自己的食物，使得现场气氛变得火爆起来。其它神奇宝贝也被卷入纠纷中，场面一团混乱。另一方面，火箭队饿得到处找食物，抢走森林里的蘑蘑菇的食物，导致愤怒的蘑蘑菇群接二连三进化成斗笠菇....

小智等人来到离第六个徽章的所在地茵郁市不远的地方，中途遇到大雪，陷入危机。然后一行人又遇到会因天气而变化外形的天气神奇宝贝，漂浮泡泡。漂浮泡泡带领小智等人到气象研究所，看到储存气象数据的巨大控制器而吃惊不已。火箭队也冲着这个东西过来了。接着，水舰队的人也来了...

小智等人终于来到茵郁市。镇上正为了一年一度以"天空"为主题的妖精嘉年华会而热闹沸腾。此时，一行人遇到了用盔甲鸟带领孩子们玩乐的娜琪。原来她是专攻飞行神奇宝贝的茵郁道馆的道馆训练家。小智等人决定在道馆比赛开始之前，好好享受庆典活动。这时候，火箭队的小次郎得到了珍贵的神奇宝贝，风铃铃...

以第六个徽章为赌注的道馆战在茵郁道馆展开了。小智斗志高昂。相对的，娜琪却在战前，静静地对空祈祷。相对于娜琪拿出同时具有飞行与龙系属性的七夕青鸟，小智却拿出被飞行属性克到的森林蜥蜴对抗...

小智等人在茵郁市得到白羽徽章后，为了挑战下一个道馆而持续旅行。途中，搭救了卡在路边无法动弹的喷火驼。同时，也认识了少年高谷。高谷为了让小村落的人们有电影可看，背着底片与放映机旅行。火箭队等人见状，跳出来想抢走放影机...

小智等人向着水静市方向旅行，来到了四周环山的溪谷镇。为了消除旅行疲劳，一人决定到神奇宝贝中心休息。但是，乔伊小姐神色诡异的赶走小智等人，使得小智等人迫不得已露宿野外，遭到奇怪的两人组的攻击。这两人是神奇宝贝不思议具乐部的肯恩与玛丽。他们好像在寻找掉落到小镇附近的陨石与来自宇宙的神奇宝贝...

小智等人看到有趣的招牌“懒人翁香蕉乐园”，决定顺路进去逛逛。小胜与小遥听说这个搜集很多懒人翁的动物园有香蕉甜点，高兴极了。然而，进入园内，什么人也没看见，一片荒凉。原因似乎是因为卡比兽吃光了园内的香蕉，使得懒人翁不愿见人。小智等人受园玛奇之托，决定想办法赶走卡比兽...

小智等人终于到了接近水静市的地方。但是，他们却在市区前方的森林受到火箭队偷袭。小智等人被爆炸炸飞。然后，等皮卡丘醒来时，它已经因为爆炸的冲击而丧失记忆。在旁的喵喵见机不可失，故意捏造谎言哄骗皮卡丘加入火箭队。

小智等人终于抵达水静市。公园的果实市场非常热闹，一行人看得雀跃不已。并与加奈及她的搭档“操纵神奇宝贝”噗噗猪成为朋友，被招待到加奈的家里玩。在那里，小遥使用果实调理机尝试自己制造能量方块。另一方面，小智的大王燕从人称绝招高手的加奈的爷爷那里，学习“回转攻”的绝招......。

神奇宝贝华丽大赛水静大会终于开始了。但是，最初登场的小遥与力壮鸡，遇到了意想不到的状况。比赛中，小遥跌倒，力壮鸡的火炎正好扑向小遥。幸好小遥临危不乱，化解危机，成功的表演结束。加奈以小遥为榜样，士气大振，与噗噗猪一起登场。到底加奈与噗噗猪会拿出什么样的表演呢？

小智等人得到了第三个缎带勋章。为了前往下一个道馆所在的绿岭市，一行人搭上了连络船班。然而他们不知自己搞错了目的地，船其实是到达邦巴岛的。在那里，小智等人遇到了带着妙蛙草与喷火龙的少年，吉米。吉米正在神奇宝贝比赛裁判养成学校学习如何当裁判。受养成学校老师莎莉娜所托，小智与小刚加入帮忙学生的双打比赛的实习课...。

小智等人在前往瑞弗勒岛的途中，发现了搭着小船漂流的跳跳猪。跳跳猪把头上的珍珠搞丢了，非常困扰。于是神奇宝贝们就潜入海中帮忙寻找，偏偏怎样都找不着。此时，出现一位叫做伊崎的绅士，告诉他们只要找到“双壳神奇宝贝”珍珠贝就可以了。在伊崎的向导下，小智等人来到珍珠贝研究所，看到罕见的蓝珍珠。并且，火箭队的人也跑了过来...

在瓦滋瓦岛的海边，小智等人遇到了一位男性，草也。草也宣称自己是以搜寻海中宝物贩卖维生的宝物猎人。听说草也可能发现了古时沉船的宝物，小智等人马上跟着起哄，前往海中寻宝，但是听到风声的火箭队也靠近过来...

小智等人来到伊吕波三岛。一行人把没有元气的力壮鸡交给岛上的神奇宝贝中心，意外偶遇小田卷博士。原来他是来调查珍珠贝为何在特定岛上，只会进化成猎斑鱼或樱花鱼的谜题。根据博士的研究，解开进化的秘密的关键，在于“深海之牙”与“深海之鳞”上头。小智等人为了解开海底谜题，与岛上的少女奈美子一起前往古老传说中的洞窟...

小智等人来到刚迦岛。在那里，遇到了一群为了获得格斗胜利，努力于肌肉锻练的一群人，并被拖下去一起练习。在那里，岛上最强的训练家岩清水向小智挑战双打比赛。面对水系的沼王与帝牙海狮，小智决定用皮卡丘与森林蜥蜴对战，但又陷入意料不到的危机之中...

搭船前往绿岭市的旅行途中，小智等人的皮卡丘差点被火箭队抢走。战斗中，皮卡丘的电击招引起了爆炸，导致小智等人与火箭队都被弹飞到海中。这时火岩队的潜水舰突然出现，将小智等人抓起来。想利用超古代神奇宝贝固拉多的力量征服世界的他们，终于发现了盖欧卡，可是...

为了得到超古代神奇宝贝，火岩队与水舰队对决的时刻终于来临。水舰队的老大水梧桐利用红色之珠让盖欧卡甦醒。另一方面，火岩队握有的可以控制盖欧卡的蓝色之珠却跟皮卡丘融合为一体。被邪恶之心所控制，失控发狂的盖欧卡。火山爆发、与带着蓝色力量的皮卡丘和固拉多果然发生了激烈冲突...。

为了得到第七个徽章，小智等人终于抵达绿岭市，前往位于本市的宇宙中心。在中心里面，小智等人迷路了，遇到在地下训练室做神奇宝贝对战的双胞胎，枫与南。他们使用天秤偶的念力，正在无重力状态中战斗。在他们的带路下，小智等人在中心玩得很愉快。此时，枫与南的父亲，太空人基恩搭乘的火箭发射升空了。火箭队的人知道此事，不知又打起了什么鬼主意...

攸关小智丰缘联盟第七个徽章的道馆赛终于在绿岭道馆开始了。对手是控制月石与太阳岩的道馆训练家，枫与南。小智拿出皮卡丘与大王燕战斗，向双打比赛挑战。这场比赛究竟会是谁输谁赢呢？

以第八个徽章为目标的小智等人在前往目的地琉璃市的途中，路过了一座岛屿，正想在其中一家店用餐，偶然遇见四天王之一的源治，一行人兴奋不已。源治的身份是船长。在他带领下小智见识了巨大的帆船，并受邀做一场神奇宝贝对战比赛。面对这场与四天王的对决，小智摩拳擦掌，正想大显身手，然而...

前往下一个目的地琉璃市的途中，小智等人来到了一座小岛。小胜在岛上看到“藤壶神奇宝贝”摇蓝百合，追逐在后，因而与大家走散。大伙拼命寻找小胜，途中遇到了名叫诸星博士的男子。他正从事让古代神奇宝贝复活的研究，并说要让大家看看罕见的古虾神奇宝贝太古羽虫的进化。这时，火箭队的人又照惯例跑来作怪...

为了在最后的道馆赢得徽章，小智等人到达召开神奇宝贝华丽大赛的伊札贝岛的普里加市。小遥带着妙蛙种子挑战第四个缎带勋章，很幸运地轻松通过第一次审查。另一方面，会场一个穿着绿色衣裳的挑战者哈利，带着“恶神奇宝贝”梦歌利亚连战连胜。不知为何原因，小遥感受到这个人对自己似乎怀有恶意...

以赢得第八个徽章为目标的小智等人，在横越伊札贝岛的途中，来到了毁灭之谷。在那里，遇到老人重盛，在其带领下前往传说封印巨大力量的巨大神奇宝贝球所在的湖泊。此时，闻风而来的火箭队跑出来了。就在火箭队想夺走巨大神奇宝贝球的时候，球的封印被解开，巨大的念力土偶甦醒了。小智等人依靠着重盛的古文书，挺身对抗巨大念力土偶...

旅行途中小智等人在原野上稍做歇息。这时小智为了小试身手，与小刚很难得地做神奇宝贝对战赛。然而战斗中，煤炭龟的“重击”力道过得，把莲帽小童炸飞掉，撞到森林中的欺骗神奇宝贝大嘴娃。大嘴娃迷上莲帽小童，莲帽小童一点也不领情。另一方面，小遥看过训练家莎由梨的缎带舞绝活之后，对大嘴娃大感兴趣。然而，远方还有一群可疑人物看上了大嘴娃...

向伊札贝岛前进的途中，小智等人误入了广大的荒野。那里，有着“狮蚁神奇宝贝”大颚蚁的巢穴。一行人在那里认识了保护巢穴安全的管理员，秋子，及大颚蚁的研究员平八郎。他正寻找大颚蚁制造的地下迷宫所在地的湖泊。这时火箭队的人又来偷袭了。并导致皮卡丘掉进大颚蚁的巢穴中...

小智等人以赛罗斯镇为目标而旅行的途中，来到了山势险峻的岩山山麓的利亚多村。最近在这个村庄出现了罕见的灾祸神奇宝贝阿勃梭鲁，村民们正为了可能发生的灾祸而困扰。村子的少年阿德说他的哥哥小聪为了证明灾祸并非阿勃梭鲁引起，而离开了村子。小智等人遂陪伴阿德寻找小聪。另一方面火箭队伪装成阿勃梭鲁猎人，企图找机会夺走皮卡丘...

小智等人以拿到丰缘地方第八个徽章为目标而旅行，来到了伊札贝岛的山顶。在那里，小智的徽章盒被喜好恶作剧的雪笠神奇宝贝雪童子抢走。小智在暴风雪中拼命追逐，在很陡的斜坡上滑倒，掉到山谷的深处。不只这样，皮卡丘想要救出小智，却与雪童子一起被火箭队抓住...

小智等人在森林中小歇一会儿，看到了身体虚弱倒地不起的感受神奇宝贝拉鲁拉丝。牠似乎是掉到河中全身湿透，而发高烧的样子。小智等人想带拉鲁拉丝到神奇宝贝中心医治，可是突然出现一位绅士带着沙奈朵跟奇鲁莉安阻挡小智等人。小智被迫应战，只好拜托小胜先带着拉鲁拉丝离开...

小智等人终于抵达琉璃市，兴致高昂，在道馆挑战赛之前，很期待看看有水之都之称的本地名产，艺术大型庆典。亚当是获得观众热烈欢迎的水之艺术家。他使用水系神奇宝贝的艺术演出，深深迷住了小智等人的心。当小智等人得知他就是本地的道馆训练家时，非常吃惊。紧接着，一行人被带往巨大泳池状的战斗场地，看得目瞪口呆...

小智为了得到第八个徽章而向琉璃道馆挑战。但是，道馆训练家亚当的水系神奇宝贝却相当难缠，而陷入了苦战。所依赖的森林蜥蜴、龙虾小兵都被亚当的出没神奇宝贝爱心鱼，与鲶鱼王的巧妙攻击耍得团团转，败下阵来。于是小智拿出学会“回转攻”的大王燕对战...

向下一个目的地前进的小智等人，途中来到了一座小岛。在那里，小遥的神奇宝贝球被人偷走。嫌犯好像是拥有搜集圆型物体的习性的直冲熊。小智等人与其饲主凯真拼命的追逐直冲熊，火箭队的人又突然出现搅局...

为了暮水镇举办的下一场华丽大赛而斗志旺盛的小遥面前，宿命的劲敌小瞬出现了。俩人在海边展开战斗，期间遭到火箭队袭击，所有人都失散各地。小遥拼命寻找同伴，遇到了岛上的老人碌介，而知道自己飞到了磁铁失效的梦幻之岛的森林里头...。

明天就是小遥出场华丽大赛的日子。为此，小智等人急于赶往大会场地暮水岛。可是途中船只故障，只好停靠在咚咚岛。小智等人在这座岛上，遇到了滚来滚去跳着充满活力的爱之舞求婚的雄性顿甲。这里，是铠甲神奇宝贝顿甲的乐园。现在正是他们恋爱的季节。旁若无人到处滚的顿甲，把小智等人耍得团团转。到底小遥有没有办法平安到达暮水岛，参加明天的华丽大赛呢?

神奇宝贝华丽大赛暮水大会的早晨终于来临了。在神奇宝贝中心前面的广场，比赛前的协调训练家们早早的就与神奇宝贝们展开练习。小遥的神奇宝贝都处于最佳状况，唯有向尾喵，老是东张西望心不在焉。这时候，与小智做练习的雪童子失去控制，导致广场一团混乱，而向尾喵也被逃出会场的长尾怪手引开，小遥紧追在后，遇到了住在岛上的协调训练家，利树与江梨子....。

暮水大会战况激烈。小遥与向尾喵平安通过第一次审查。在岛上认识的朋友利树与江梨子也获胜通过。第二次审查比的是华丽对战。如何漂亮地使出绝招是决胜的关键。最初的战斗是武藏丝基VS江梨子。迷唇姐迷上喵喵，使出的“恶魔之吻”让喵喵一直忙于闪躲。另一方面，小遥的对战对手是利树。随着战斗的开始，向尾喵与黑鲁加的速度之战也展开了....

小智等人以凯那市为目的地一路旅行，来到了有很多果实的一座小岛。小遥利用岛上的神奇宝贝中心的果实调理机完成了属于自己的能量方块“小遥美食”。她迫不及待的拿给神奇宝贝们试吃，可是小遥美食难吃的程度，足足让神奇宝贝们都昏倒不起。唯有一只神奇宝贝一直吃个不停。牠就是大胃王神奇宝贝小卡比兽。 这时候，发生了孩子们的能量方块消失不见的事件。孩子们开始大闹，认为大胃王小卡比兽就是嫌疑犯....。

在前往凯那市的途中的某座岛上，小智与雪童子继续做急冻光线的特训。突然，山上滚下一个大饭团。其后面，有个少年正追着饭团而来。少年名叫政宗，为了成为世界第一的超级训练家而在外旅行。政宗二话不说就要求与小智决斗。小智与皮卡丘很干脆的接受挑战。到底，这个使用铁球神奇宝贝铁哑铃的训练家政宗的实力有多少呢?

小智等人搭上豪华客船圣繁花号，欲前往凯那市。但是听说已经解体的火岩队的班纳伊也在船上。船上公开展示将颁给大型庆典优胜者的缎带奖杯。这个奖杯却被神不知鬼不觉的被人掉包。假奖杯的背面还留了一张班纳伊的作案卡片。于是小智等人为了引诱班纳伊出来，进行了某个作战计划......。

神奇宝贝大型庆典开办的日子终于来临了。小遥面对即将展开的预赛，非常紧张。但是在母亲美津子的鼓励与来自各地友人的诸多电报，又士气大振。小遥遇到了同样参加大赛的小瞬与哈利，并看到父亲橙华道馆训练家千里来到会场进行神奇宝贝谘询工作的传单。但是照理来说，千里应该忙着道馆比赛，无法来到会场的...。

比赛高潮迭起的大型庆典。小遥与小瞬、哈利一起打赢预赛。为了明天的正式比赛，小遥正努力练习中。此时，正与雪童子做特训的小智遇到了大型庆典的参赛者敦平。敦平的通行证与缎带勋章不见了。听说是撞到奇怪的三人组之后不见的。小智等人便分头寻找”奇怪的三人组”...。

比赛高潮迭起的大型庆典。第二次审查的华丽对战第一回战，小遥与哈利的比赛开始了。面对使用诅咒娃娃与梦歌奈亚的哈利，小遥用狩猎凤蝶与妙蛙种子来迎击。遇到哈让对手出糗减分的战术，陷入了苦战。 另一方面，在会场的一角，由于火箭队企图伪装成参赛者参加比赛，冠军候补罗伯特差点被抓起来。这时候小智出来帮助罗伯特。一团混乱的大型庆典，比赛究竟会如何发展呢？

小遥中奖得到飞机票，小智一行人持票搭上飞机，想前往彩幽岛。然而，这个抽奖与飞机都是火箭队设下的陷阱。更糟的是飞机出了状况，迫降在一座小岛。小智等人在岛上遇到名叫罗宾的男子。搭船遇难的他解释，自己是被球鲸神奇宝贝"吼吼鲸"救起，在这座岛上生活的。小智等人借助罗宾的力量，想一起逃出这座小岛，但是...。

小智等人终于来到彩幽市，一到这个地方，一伙人马上忙着找本地出名的拉面店彩幽轩。可是他们误入小巷，遭到黑暗鸦群的攻击。此时出手解救小智等人的，是穿着长靴的喵喵与其训练家哲也。 哲也身兼大会圣火跑者的工作。而火箭队一帮人，正打着偷走圣火－火焰鸟的火焰－的鬼主意......。

彩幽大会的前一天，小智为了准备比赛，与神奇宝贝们用心地在做特训。这时，突然巨大的饭团滚了过来。从后追过来的是小智的劲敌正宗。正宗掉入火箭队设下的陷阱里面，幸好得到哲也的搭救。 终于，大会的预赛开始了。正宗最初遇上的对手使用的是电击兽。正宗的铁哑铃没有别的绝招，只能够向前冲。电击兽的严密防守使牠陷入苦战，即使如此，牠还是拿出气魄站了起来...！

采取双打模式的预赛锦标赛天终于来临了。政宗的对手凯伦使用嘎啦嘎啦与怪力战斗。政宗则选择用卡蒂狗与天蝎。因为双方实力不相上下，比赛演变成了拉锯战。另一方面，小智的对手友野使用热带龙与吞食兽战斗。小智选择搭配龙虾小兵与煤炭龟来迎击。很快的，激烈的战斗即将展开...

预赛锦标赛第一回战、第二回战都打赢之后，小智第三回战的对手是人称微笑指挥家的日向。日向拿出火系神奇宝贝喷火龙与火岩鼠战斗，小智也拿出冰系的冰鬼护和草系的森林蜥蜴应战。面对日向与神奇宝贝完美的协调默契，小智该怎样来迎战呢？

神奇宝贝联盟彩幽大会。成功打赢预赛锦标赛的小智，在决赛锦标赛第一回合遇到小枫。小智一度为小枫精于算计的风格陷入苦战，不过最后还是赢了第二回战。那天晚上，神奇宝贝中心发布了第三回战的分组。小智将与政宗交战...

彩幽大会第二回战，小智的对手竟然是他视为死对头的政宗。但是，政宗迟迟不愿出手，只是一直逃避。为此，比赛开始成了小智领先的局面。眼看着信赖自己的神奇宝贝被打惨的样子，政宗最后还是燃起了斗志。两人超越友情、真枪实战的决斗就此展开！

神奇宝贝联盟彩幽大会进行到第三回战。小智的对战对手是哲也。两人展开了激烈的拉锯战。最后，小智的皮卡丘与哲也的长靴喵喵的战斗成了决胜关键。到底，谁会打赢这一仗，进入前四强呢？

彩幽大会结束了，小智与同伴们纷纷返回自己的家。小智途中来到怀念的回忆之地常磐市。在那里遇到了戴着眼镜的奇怪男子。这个男人名字叫做亚希达。他告诉了小智新的对战设施，对战开拓区的存在。小智在亚希达劝说下进入常磐道馆，遇到新的道馆训练家菊子。然后小智与气势逼人的菊子展开不以徽章为目的的大决斗...

让人淡忘激烈的战斗生活的故乡，真新镇。小智回来了。久违的小智妈妈看来显得很开心。交给大木研究所保管的神奇宝贝们也因为与小智等人重逢而高兴得不得了。小智等人为了征服下一个目标对战开拓区，打算休息片刻，企图捕获大量神奇宝贝的火箭队一伙人又跑来攻击.....

小智等人从真新镇出发，路过月见山的山麓。这附近有珍贵少见的星形神奇宝贝皮宝宝栖息。不亲近人的皮宝宝也被小智等人的心所打动，主动上前亲近。这时候火箭队的人突然跑出来，利用加强威力的武器把小智与神奇宝贝们吹得老远..

小智等人在前往对战开拓区的第一个目的地""对战工厂""的途中迷路。在里，他们偶然目击到传说神奇宝贝急冻鸟在空中飞行。那飞扬在飘雪中的美丽身姿令小智等人看得痴迷。 得到亚希达的帮助，迎接辛苦到来的小智等人的，是名叫达拉的男子。此时他正热衷于自己发明的奇怪机器...

小智选择与达拉的急冻鸟对阵。为了因应这场战役，小智找来了修行中的喷火龙。相对于冰系神奇宝贝急冻鸟，喷火龙的攻击显得效果十足。但是在达拉的指点下，急冻鸟也逐渐的发挥了自己的实力。然后，急冻鸟利用自己速度上的优势，在陆续躲过喷火龙的攻击后，在四周喷放出雾气....

前往对战竞技场的途中，小智等人进入只有岩石的险峻山中。山路让一行人走得气喘吁吁，不得不停下来休息。可是才稍不注意，小智的神奇宝贝就跟小拳石吵起架来。小拳石生气的跑去找岩山里的大王，大岩蛇来帮忙…

小智等人来到森林，误中网子陷阱。设下这个陷阱的是以大声神奇宝贝吼爆弹为搭挡的光夫。原来这次光夫是捕错对象了。他真正想捕捉的，是热气球神奇宝贝的胖丁。原因是为了女儿里莎想要与胖丁一起唱歌。小智等人为了光夫与里莎，想出力帮忙捕捉胖丁，但是...

为了陪伴贪嘴的小遥，小智一行人顺道来到森林里的蛋糕店。在那里，传说神奇宝贝风速狗突然跑过来。紧接着，小遥的劲敌小瞬也跟着出现。小瞬想收服风速狗，但是风速狗使出绝技“神速”很快就跑得不见踪影。小遥与小瞬争相竞赛收服风速狗，而开始寻找风速狗的下落...

前往即将举行华丽大赛的金黄市的小智等人，途中发现被腕力等神奇宝贝追赶的可达鸭。小智等人救了可达鸭之后，想将牠送回原来的主人的身边。然而，可鸭的主人其实就是派出腕力的安澄。可达鸭似乎已从安澄家不知逃走了几次...

以金黄市为目的地的小智一行人，追逐擅自脱队的小卡比兽，来到了森林中的一家餐厅。同时间，肚子饿扁的火箭队也进入了隔壁的另一家餐厅。原来这两家餐厅是感情不和睦的姐妹所开的。为了决定父亲留下的餐厅的继承权，姐妹俩各派出担任大厨的神奇宝贝─狃拉与吸盘魔偶来比赛手艺。而小智等人，则决定帮助多兰，火箭队则帮助蕾西这一边....

小智一行人准备前往金黄市参加神奇宝贝华丽大赛，途中他们在一座森林里迷路，遇到了善吉和他的绿毛虫、以及哥顿博士，哥顿博士喜欢研究各种有关神奇宝贝的新发明，火箭队跑来偷他的发明，结果使得绿毛虫不小心吞下了哥顿博士发明的药丸，绿毛虫开始变大…

虽然已经来到金黄市，但是小遥仍迟迟无法决定使用的神奇宝贝。这时候来帮助小遥的，是一再撒谎阻挠她的哈利。小遥看哈利似乎已经改过自新，于是决定接受哈利的建议。而小遥也决定选择杰尼龟来挑战大赛。然而在训练中，杰尼龟被人掳走了……。

金黄市的华丽大赛终于开始。小遥又上了卑鄙小人哈利的当。小遥决定在比赛中把愤怒转化为力量，而斗志高昂。另一方面，哈利也展现实力，与梦歌奈亚默契十足，做出了漂亮的演出。小遥也毫不示弱，与力壮鸡同心协力，进级比赛。此时，不相干的武藏却插进来捣蛋……。

小遥结束神奇宝贝华丽大赛之后，前往报导中的有名拉面店。然而店老板恭太郎却被人带走了。小遥等人紧追上去，最后到了格斗神奇宝贝的道场。原来恭太郎的父亲是道场的师父，他要求恭太郎关掉拉面店，来继承道场。小遥是不是会吃到金黄市最好吃的拉面呢？

前往下一个目的地，对战竞技场的途中，小智一行人迷路到一个阴森森的小镇。已成为鬼镇的这个地方，似乎有许多鬼怪出没。小智等人吓得逃进建筑物之中，这次却听到屋子深处传来音乐声。一行人战战竞竞地前去确认，看见的是一群超能力系的神奇宝贝。虽然牠们似乎和外面的鬼怪没有关系，但是……。

终于快到达对战竞技场的小智一行人。途中，小卡比兽突然身体不适，毫无食欲。受到某座城堡的老管理员搭救的一行人，居然在城堡里遇到火箭队。原来这座城堡是小次郎的家。不知为何小次郎不愿在家中暴露自己加入火箭队的事，于是跟小智提出暂时停战协定……。

对战竞技场近在眼前，小智与小刚努力做最后的特训。此时，小刚的水跃鱼进化成沼跃鱼，而牠没控制好力道的攻击，却误伤了一只绵绵。绵绵的主人，桃子，带着绵绵去接受神奇宝贝中药店的治疗。原来桃子是在这里跟老婆婆学做中药的。小刚迷上了美丽的桃子，可是，情敌也随之出现。不只这样，沼跃鱼也喜欢上了绵绵……。

小智抵达对战竞技场，面对比赛可是斗志满满，对擅长使用格斗型神奇宝贝的开拓之脑黄瓜香提出挑战。为了对付黄瓜香的冥想神奇宝贝恰雷姆，小智从大木研究所那里调来卡比兽出赛。神奇宝贝的力量互相激撞。恰雷姆来势汹汹的攻击使卡比兽陷入危机……。

以第三个对战设施“对战巨蛋”为目标，持续旅行的小智一行人，途中来到某座农场。那是专门帮人保管神奇宝贝蛋，照料并孵育的抚养家。由于小遥从没看过神奇宝贝蛋，所以显得非常兴奋。农场主人的女儿，代美，梦想成为协调训练家，但又离不开自己生长的地方，对于旅游各地、参加华丽大赛的小遥，不禁露出冷漠的态度……。

前往对战巨蛋的途中，小遥得知吉鲁巴镇即将举行神奇宝贝华丽大赛，马上决定报名参加。在众多的协调训练家之中，有个看起来很累了的上班族，绪方。绪方一登上舞台就判若两人，打扮时髦而且很潇洒熟练地大弹电吉他。他与巴大蝴的热情演出让小遥等人都吓了一跳。可是，此时绪方的妻儿突然出现……。

以对战巨蛋为目的地，途中小智一行人来到了人称钓鱼胜地的湖泊。但是那里却一个钓客也没有，非常的冷清。遇到看守湖泊的朝雾之后，才晓得是因为突然出现的铁螯龙虾恶意捣蛋，使得人们与神奇宝贝都远离这座湖泊。小智为了让湖泊恢复往日的盛况，决定赶走这只铁螯龙虾……。

小智等人终于抵达对战巨蛋。此地的开拓之脑希尔斯是广受群众喜爱的超级巨星。其华丽的登场所带来的狂热气氛，令小智大吃一惊。面对希尔斯火系的风速狗和水系的巨沼怪，小智决定用龙虾小兵与大王燕来应战。但是，在希尔斯精妙的战术之下，小智还是陷入了危机……。

朝着下一个目的地对战水管继续旅行的小智一行人，途中在森林里遇到乱发电击招式电人的电击怪。这只电击怪挟着强大的电力，接二连三攻击森林里的神奇宝贝。在这团混乱中，小遥不只受到波及，重要的神奇宝贝蛋也因为卡在电击怪头顶的关系而被带走。为了把蛋拿回来，小智等人拼命寻找在森林里乱跑的电击怪……。

为了去浅红市，小智等人途经一座森林，由于山崩的关系，道路无法通行。小智等人别无他法，只好改变行进的方向。此时皮卡丘不知为何突然跑进森林深处。就在小智等人不知该如何是好时，遇到前来森林进行任务的神奇宝贝保育家日向。小智等人听说森林发生异变，便与日向一起为了追回皮卡丘而进入森林深处，进而发现伤痕累累的雪拉比……。

小智等人前往浅红市的途中，在森林里认识了忍者学园的学生比久，在比久的邀约下，一行人决定到神奇宝贝忍者学园参加为期一天的体验课程。而学园里的学生们则因为栽种的蓝橘被偷走，所以开始怀疑突然出现在校园里的爱哭树，认为牠的嫌疑最大……。

小智等人抵达浅红市。小遥寻找走失的杰尼龟时，在旧车站偶然认识了阿国嫂。阿国嫂没办法接受丈夫阿勇死于他乡的事实，至今仍在旧车站月台痴痴等待。据说二人是在几十年前分开的。偶然之下小遥与喵喵时光旅行回到了那个时代，他们想救阿勇，但是……。

赌上第四个开拓区的象征的对战之日来临了。先到对战水管的小智，却不知道那是火箭队所搭建的假的对战设施。在小智的皮卡丘快被掳走时，出面解危的是开拓之脑的小蓟。小智立刻向小蓟提出挑战，可是只攻击不防守的小蓟，却相当的难对付……。

由于下一个目的地是位在金属岛的第五个对战设施“对战宫殿”，小智一行人便搭船旅行横渡海洋。途中路经香草岛时，得知当地有举办考验训练家与神奇宝贝感情的例行活动“神奇宝贝定向越野竞赛”，小智一行人也兴致勃勃地报名参加。而且连火箭队的小次郎也跑来参赛了。为了让小次郎赢得胜利，武藏和喵喵拼命地干扰小智他们……。

小智一行人得知神奇宝贝华丽大赛即将举行的消息，来到香草岛另一头的藻玉镇。小遥决定让这场比赛成为小卡比兽的出道赛，初次搭配演出就以拿下第三个缎带勋章为目标。虽然如此打算，但小遥还是遇到劲敌哈利的阻挠……。

小智一行人前往即将举办下一场华丽大赛的地点“让叶岛”。中途路过甘菊岛时，森林蜥蜴因为意外事件与水果神奇宝贝热带龙打了起来，但却落败负伤。这时出来搭救牠的，是乔伊小姐的神奇宝贝大菊花。接受大菊花治疗的森林蜥蜴，却爱上了大菊花。为了找热带龙再战一场，又再度站了起来……。

由于小遥想得到第三个缎带勋章，所以小智一行人来到让叶岛的神奇宝贝华丽大赛会场。在那里遇到新人协调训练家若菜，她是小瞬的支持者并把小遥视为劲敌。大赛开始后，小遥带领气势十足的小卡比兽表演，获得好评。不服输的若菜也带着溜溜糖球做出华丽的表演。但其实若菜有个令人惊讶的打算……。

小智一行人来到对战宫殿的所在地“金属岛”。岛上有广大的丛林。小智想靠特训来激励蜥蜴王，然而还是一直使不出绝招的蜥蜴王，却沮丧地冲进丛林里。小智追上蜥蜴王后，却碰上大群大针蜂的攻击，因此和皮卡丘走散。皮卡丘被当地的开拓之脑宇康救起，但小智却还迷失在丛林之中……。

小智一行人来到第五个对战设施“对战宫殿”。开拓之脑宇康提出以广大丛林为对战场地的建议。小智很乐意地接受了，但是，面对灵活运用大自然力量的宇康，小智却陷入了危机。当宇康拿出最后的王牌，土偶神奇宝贝念力土偶时，小智派出了蜥蜴王挑战，可是……。

海上之旅结束，小智等人来到港口城市，在那里差点被火箭队的人设计抢走神奇宝贝。小卡比兽的绝招“挥指功”使得一伙人勉强脱离危机，但是在混乱之中，皮卡丘、喵喵、爱哭树、魔尼尼却走失了。小智一行人跟火箭队都拼命地在寻找走失的同伴。这时在他们面前出现了魔尼尼与爱哭树。不知为什么，两只神奇宝贝的样子却不太对劲……。

高楼林立的大都会“荐田市”。小智一行人来到此地，听到“红色闪电”的传说。据说以红色斗蓬蒙面又遮身的红色闪电不管对方愿不愿意，都会主动找训练家的神奇宝贝攻击，向他们挑战。而这个会使用神奇宝贝的绝招，但又会讲人话的怪人，闹得地方上人心不安。而此时，与小智一行人走散的杰尼龟，也被红色闪电盯上了……。

小遥以得到第四个缎带勋章为目标，报名参加神奇宝贝华丽大赛的六道木大会。细心培养的伊布，情况非常良好，接下来就只等大会开始了。而此时，有位叫做祐舞的神奇宝贝培育家偶然路过，也曾经是神奇宝贝协调训练家的她，对小刚培育的神奇宝贝赞赏有加，并强力劝说小刚参加这次的华丽大赛。于是小刚也报名参加比赛了……。

小智一行人以对战塔为目的地，途中在山路上遇到了“吻神奇宝贝”迷唇娃，正当小遥想抱可爱的迷唇娃时，林中突然有人发出绝招阻挠，而下手的正是三只迷唇姐。在双方差点大手出手时，小智一行人注意到迷唇姐是为了保护迷唇娃而攻击他们，于是决定绕道而行。后来，躲在森林中的火箭队也遇到了这只可爱的迷唇娃，因此打起了鬼主意……。

向对战塔挑战的日子近了，小智与皮卡丘兴奋到失眠。黎明时分，小智与皮卡丘等不及地到外头练跑步，并共誓要打赢比赛。可是这时候野生的大针蜂突然来袭，有个名叫莉拉，相貌端丽的少年出手搭救了慌张失措的小智，当他抱起皮卡丘时，这次换成想抓走皮卡丘的火箭队来击……。

在对战塔与莉拉的战斗中落败了的小智，虽然他很不甘心地想再度挑战，但是，他也很清楚按照以往只靠气势来战斗的话，一定没有胜算。小智反省到原因出在自己没有充份发挥神奇宝贝的实力，于是又再展开了特训。小智也知道要打败能与神奇宝贝心灵合一的莉拉，用普通的训练方法是行不通的，于是……。

以挑战对战金字塔为目标的小智与其同伴，在中途的山区上空目击到极光。此时，皮卡丘与周围的野生神奇宝贝都发生异状，甚至连神奇宝贝球也无法使用了。在这异变当中，一行人面前出现了过去曾一同行动的神奇宝贝保育家日向…。 异常现象发生时，只有神奇宝贝保育家日向的捕猎游标能正常运作，面对小胜与喵喵被神秘的神奇宝贝代欧奇希斯掳走的情况，日向的猎捕游标成了大家最后的依靠，到底小智一行人的命运会如何呢？

以挑战对战金字塔为目标的小智与其同伴，在中途的山区上空目击到极光。此时，皮卡丘与周围的野生神奇宝贝都发生异状，甚至连神奇宝贝球也无法使用了。在这异变当中，一行人面前出现了过去曾一同行动的神奇宝贝保育家日向…。 异常现象发生时，只有神奇宝贝保育家日向的捕猎游标能正常运作，面对小胜与喵喵被神秘的神奇宝贝代欧奇希斯掳走的情况，日向的猎捕游标成了大家最后的依靠，到底小智一行人的命运会如何呢？

以挑战最后的对战设施对战金字塔为目标的小智一行人，在森林中遇到了金光闪闪的胡说树。小智原本想收服，但却被牠给逃掉了。小智一行人走到附近的城镇，谈论到黄金胡说树的话题时，却遭到周围群众上前逼问。此时出面解危的是名叫钦也的少年。他似乎知道黄金胡说树的秘密，但是…。

想在神奇宝贝华丽大赛构木大会赢得第五个缎带勋章的小遥，受到已拿到五个缎带勋章，拥有华丽大型庆典参赛权的宿敌哈利的刺激，而开始拼命特训。另一方面，哈利接近这次伪装参赛的火箭队，为了打倒小遥，双方联手合作了。

宿敌哈利与火箭队的妨碍并没有发挥作用，小遥成功地通过了第一次审查。然而，第二次审查的华丽对战赛，遇到的都是些难缠的对手。小遥在苦战中一路获胜，但这并不表示哈利等人的阴谋诡计已经结束。在哈利等人设下陷阱等着她时，小遥是否能赢得这场华丽大赛呢？

今天火箭队三人组的捕捉皮卡丘计划又失败了，为此闹翻了的武藏、小次郎、喵喵终于宣告解散。同一时间，小智一行人看到有私人举办的神奇宝贝对战赛，于是就跑去参加。但是那其实是火箭队的亚马多与小三郎设下的陷阱。小智一行人与火箭队三人组的命运将会…？

前往对战金字塔之前，小智一行人顺路先到了尼比市。睽违已久的小刚的老家尼比道馆，不知为何，外观与之前截然不同，变得非常古怪。根据留在家中的弟妹们所言，这是自称道馆改造家的奇怪业者怂恿小刚的父母所导致的。这些可疑的人到底是谁？为了保护可怜的弟妹们与尼比道馆，小刚站出来了！

小智一行人眼看着最后的对战设施对战金字塔就在眼前，却掉到古代的地下通道中，并且误触古代遗迹的机关，而陷入危机。幸好遇到了名叫神代的男子搭救。虽然小智被此人指出行为太过散漫，但是小智却充耳不闻。之后小智又触动了遗迹的机关…。

为了小遥即将参加的华丽大型庆典，小智一行人向石英高原的方向前进。途中遇到被农夫追赶的大群长尾怪手。此时小智被抢走了帽子、小遥则是被抢走了重要的缎带收集盒。好像是因为原本山中温驯的神奇宝贝们，突然开始在果园闹事，让农夫们非常困扰。不仅如此，还听说山中出现叫声恐怖的巨大魔怪。于是小智一行人马上前往调查…。

小智一行人终于来到举行神奇宝贝华丽大赛‧华丽大型庆典的场地，石英高原。这是小遥第二次挑战华丽大型庆典，她当然是信心满满的以取得优胜为目标。然而参赛者都是有拿到五个缎带勋章的高手，就连劲敌的小瞬、神秘的黑衣人、以及混入会场当工作人员的火箭队，个个都是不可掉以轻心的人物。到底小遥能不能顺利通过预赛呢？

小遥通过了神奇宝贝华丽大赛‧华丽大型庆典石英大会的预赛。然而，正式比赛还有更严苛的战斗在等着她。特别是小瞬，以及从以前就认识他的协调训练家纱织，目堵他们的实力，小遥不禁有点退缩。然后打进第二次审查华丽对战赛的小遥，第一个遇上的对手，居然是一再用卑鄙手段整她的哈利…。

小遥终于与宿敌小瞬对上。这场双方都拿出两只神奇宝贝来战斗的双打比赛，演变成双方都毫不让步的激烈战斗。威力强大且美丽无比的绝招不断迸出激烈的火花，白热化的战况让全场沸腾起来。但是此时，有人渐渐地接近小智…。

前往对战金字塔的途中，小智在追着爱恶作剧的长尾怪手跑时，遇上附近村落举行的选国王活动。那个活动是让所有人争夺村中流传的王冠，在日落之时，手持王冠的人就可以当下一年的国王。知道不是此村的村民也可以参加活动时，小智一行人也就参与了，可是…。

小智一行人遇到会模仿人声的聒噪鸟，以及追逐牠的少女小杏。小杏训练聒噪鸟想跟牠组队说相声。她的梦想是在相声大赛中赢得第一名，然后以搞笑艺人的身份出道。但是聒噪鸟却擅自飞走，令小杏颇为困扰。小智一行人决定到小杏家吃午餐，但是路上却遇到可疑的推销员…。

小智一行人遭到脸上有伤痕的玛狃拉攻击。虽然皮卡丘与长尾怪手出手反击，但却被玛狃拉的强大攻击打败，而且长尾怪手还伤得不轻。幸好有森林警备队的川田过来搭救，据说这只玛狃拉看到带着神奇宝贝的人，就会上前挑战。为何这只玛狃拉要攻击人？看来背后与过往发生的某件事情有关，可是…。

小智终于来到茴香谷，再次挑战对战金字塔。可是神代先生有事在忙，将比赛延到隔天。于是小智一行人前往附近的神奇宝贝中心，在那里受到热爱神奇宝对战赛的乔伊小姐欢迎。不只这样，乔伊小姐还自愿当小智的练习对手。可是小智受到乔伊小姐与吉利蛋的巧妙攻击，竟然陷入了危机…。

小智在对战金字塔败给了神代，而苦恼不已。此时大木博士来了。看到托给博士保管的神奇宝贝们的加油信息，小智大为感动。可是最打动他的，是劲敌小茂正致力于神奇宝贝研究的消息。于是小智决定再接再厉，要向神代挑战。正好在此时，小遥的劲敌小瞬也现身了。在华丽大型庆典结束后，失去目标的小遥，最后决定接受小瞬提出的挑战…。

为了再度挑战神代，小智一行人在茴香谷的神奇宝贝中心忙着特训。可是，一个人掌管神奇宝贝中心的乔伊小姐，突然病倒了。于是小智一行人便帮忙处理神奇宝贝中心的工作。但是此时，附近山路却发生了众多神奇宝贝受伤的事故。小智一行人是否能渡过这个难关呢？

为了再度挑战对战金字塔，小智召回了妙蛙种子、杰尼龟、喷火龙这些老搭挡。他与这些最早收服的神奇宝贝们到山上修行，决定找回初衷，并借此得到打倒神代的灵感。与这些老同伴共同生活，小智似乎掌握到了什么。但是，山上还有可疑的黑影潜藏着，想伺机对他们下手…。

对战金字塔的战斗是采四比四的淘汰赛。虽然小智因为神代巧妙地运用大绝招与小绝招而陷入苦战，但还是以与生具来的毅力跟神奇宝贝们的默契，把比赛拉到平手的局面。最后，彼此都只剩下一只神奇宝贝。此时神代派上场的是传说中的神奇宝贝雷吉艾斯。小智派出皮卡丘来挑战雷吉艾斯，可是…。

小智与小遥分别完成自己在对战开拓区与华丽大型庆典的目标，他们为了回故乡，来到了港都梣木镇。小遥与小胜即将渡海，与小智一行人在此地告别。正巧地方上因为祭典活动而热闹极了。小智一行人还得知将会举办神奇宝贝华丽大赛。小智与小遥报名参加了。比赛最后演变成获胜进级的两人，要争夺第一的局面…。

小智与小遥在最后的神奇宝贝华丽大赛的决战交手，两人都尽全力战到了最后。令人讶异的结局引来了观众盛大的掌声。然后，战斗结束，小智一行人分手的时刻也逼近了。胸怀旅行时的回忆，小智一行人即将回到各自的家。此时，小遥也说出自己考虑许久的决定。然后，在回到真新镇之前，还有个令人惊奇的邂逅在等着小智…。

无